最初的时候，飞天御剑流是叫飞天三剑流，是两百多年前一个叫比古清十郎的将军创造出来的一种剑术，名字虽然听起来有点挫，可是实力却不可小觑。对于比古清十郎来说，他杀敌甚至不需要出第四剑，所以才叫飞天三剑流。
比古清十郎虽然是个非常优秀的将领，但是因为他后来为了心中正义和感情，出手劫走了大名的一位姬君，以至于之后就再也没有回到萨摩潘的贵族队伍之中，与姬君成婚之后两人成了一对平民夫妻。那时候飞天三剑流的传承也没有什么必须杀死师傅才能继承的事情，但是从那个时候开始，飞天三剑流的传人必须行正义之道就已经刻进了剑法传承的根本里。
这套剑术辗转到了战国时期，那时候各路强人辈出，萨摩潘也卷入战场纷争，而在这混乱的战场之中，那一代的比古清十郎见识到了以前只在萨摩地区的时候从未见过的强大武者和不可思议的剑术。
新阴流，神道流，二天一流，佐佐木岩流……各种剑法层出不穷，让人目不暇接，也就是在那个时候，比古清十郎意识到只有三剑是不够的，于是他博思广义，海纳百家，成功地将本派的剑术从最初的只有三式变成了六式，同时也将流派的名字从飞天三剑流改成了飞天御剑流。
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